【令和8年度時点】団体経由産業保健活動推進助成金とは？対象団体・助成額・申請の流れ

団体経由産業保健活動推進助成金は、商工会議所や協同組合などの団体が、傘下の中小企業に産業保健サービス（産業医・保健師などによる健康管理の支援）を提供するときの費用の一部を助成する制度です。申請するのは団体で、個々の企業が1社単独で労働者健康安全機構に申請する制度ではありません。

この記事は、従業員50人未満（10〜49人程度）の中小企業の経営者・人事・総務担当者と、中小企業の団体の担当者に向けて、令和8年度（2026年度）時点の制度内容を整理します。

労働者健康安全機構の令和8年度版リーフレット・手引き・Q&Aと、機構の公式ページ（2026年9月25日に確認）で確認できた範囲だけを書いています。なお、令和8年度の交付申請は、予算の上限に達したため令和8年7月10日をもって受付を終了しています。

団体経由産業保健活動推進助成金とは？中小企業は単独で申請できない

この助成金は、中小企業が産業保健サービスを利用しやすくするための制度ですが、個々の企業が1社単独で申請するものではありません。ここでは、基本的な仕組みと目的を説明します。

個々の企業ではなく「団体」が申請し、傘下企業がサービスを利用する制度

申請するのは、「事業主団体等」または「労災保険の特別加入団体」です。団体が産業医・保健師などの専門職や産業保健サービスを提供する事業者と契約し、傘下の中小企業（構成事業主）にサービスを提供します。その費用の一部が、労働者健康安全機構から団体に助成されます。

そのため、企業の担当者は、まず自社が所属する団体がこの助成金を活用する予定かどうかを確認することになります。

制度の目的と実施主体（労働者健康安全機構）

機構の案内ページによると、この制度は、事業者や産業医などによる自主的な産業保健活動を支援するため、中小企業や労働保険の特別加入者を支援する団体が傘下の企業に産業保健サービスを提供する費用の一部を助成するものです。

厚生労働省の産業保健活動総合支援事業の一環として、独立行政法人労働者健康安全機構が実施しています（労働者健康安全機構「団体経由産業保健活動推進助成金」）。

令和8年度の受付は終了している（公式ページで確認できた範囲）

令和9年度以降の内容や受付については、確認できた資料がありません。最新の募集要項は、機構の公式ページで確認してください。

産業医の費用に使える助成金全般、健康経営に関する助成金・補助金、ストレスチェックの費用については、以下の記事で扱っています。
>>産業医の助成金はない？費用を抑える3つの現実的な方法
>>【2026年8月版】健康経営の助成金はほぼ無い？使える制度と注意点を解説
>>ストレスチェックの補助金は使える？制度の現実と費用を抑える3つの方法

この記事は、団体経由産業保健活動推進助成金という1つの制度に絞って説明します。

助成金の対象者は？申請する「団体」とサービスを受ける「企業」の要件

団体と企業には、それぞれ確認される点があります。ここでは、令和8年度の手引きに書かれている要件を整理します。

具体的には、申請できる事業主団体等の主な要件、手引きにおける「中小企業事業主」の定義、「50人」「300人」といった労働者数の要件が団体・企業・サービスのどこにかかるか、の3点です。

申請できる「事業主団体等」の主な要件

申請できる団体は、①事業主団体等と、②労災保険の特別加入団体です。①の事業主団体等は、次の2つの形に分かれます。

事業主団体またはその連合団体（次の3つをすべて満たすこと）

共同事業主（複数の事業主が協定書を結んで共同で行う形。次の2つを満たすこと）

どちらの形でも、構成事業主のうち中小企業事業主が全体の2分の1を超えている必要があります（共同事業主では代表事業主を除いて数えます）。このほか、事業活動状況や財政に問題がないこと、過去に補助金等の不正使用がないことなども要件です。

②の労災保険の特別加入団体は、労働者災害補償保険法に定める特別加入者の団体で、1年以上の活動実績があるなど一定の要件を満たす団体が対象です。詳しい要件は、手引きで確認してください（「団体経由産業保健活動推進助成金」の手引（令和8年度版））。

「中小企業事業主」の定義

手引きでは、次のどちらかに当てはまる事業主を中小企業事業主としています。業種は、主たる事業で判断します。

主たる事業	資本金または出資の総額	常時使用する労働者の数
小売業	5,000万円以下	50人以下
サービス業	5,000万円以下	100人以下
卸売業	1億円以下	100人以下
その他の業種	3億円以下	300人以下

資本金の基準と労働者数の基準は、どちらか一方を満たせば中小企業事業主です。

労働者数の要件はどこにかかるか

「50人」や「300人」といった労働者数は、次のように、かかる場所が違います。

従業員50人未満の会社は、上の表のどの業種でも、常時使用する労働者の数の基準を満たします。ストレスチェックは、令和10年（2028年）4月1日から50人未満の事業場にも実施が義務になります。義務化の詳細と、福岡の事業場向けの情報については、以下の記事をご覧ください。
>>ストレスチェックの義務化｜50人未満は2028年4月から。50人以上の対象者・罰則も解説
>>福岡の50人未満事業場｜2028年ストレスチェック義務化に向けた準備と無料相談窓口

何に使える？助成対象となる8種類の産業保健サービス

令和8年度の手引きでは、助成の対象になる産業保健サービスが次の8種類に定められています。機構の案内ページには、厚生労働省の「女性特有の健康課題に関する問診を活用した女性の健康管理支援実施マニュアル」に示された管理職向け研修や全従業員向け研修の提供等も助成対象になると書かれています。

助成対象となる8つのサービス一覧

下の表の金額は、サービスごとの上限額（助成の対象になる経費の上限）です。括弧内は、都道府県事業主団体（後述）の上限額です（令和8年度版リーフレット）。

サービス	内容	上限額
ストレスチェック	医師・保健師等による実施と集団分析（労働者数50人未満の事業場のみ）	60万円（120万円）
医師意見聴取	医師・歯科医師による健康診断結果の意見聴取	60万円（120万円）
保健指導	医師・保健師による保健指導	60万円（120万円）
医師面接指導	長時間労働者や高ストレス者への医師による面接指導と、その結果に基づく意見聴取	60万円（120万円）
健康相談	医師・保健師・看護師などによる健康相談対応	20万円（40万円）
治療と仕事の両立支援	主治医・産業保健スタッフ・両立支援コーディネーターなどによる、個別の労働者への支援	130万円（260万円）
職場環境改善	医師・保健師・看護師などによる、事業者に対する職場環境改善の支援	130万円（260万円）
研修教育・周知啓発	医師・保健師・看護師などによる健康教育研修、事業者・管理者向けの周知啓発	20万円（40万円）

助成率（10分の9）と上限額

助成率と上限額は、令和8年度の手引きとリーフレットで、次のように示されています。

実際の助成額は、団体の計画と負担額によって決まります。実費の全額が助成の対象になるとは限りません。

対象外になるもの・注意点

手引きでは、次のものは助成の対象外とされています。申請前に確認してください。

なお、産業医の選任や月額報酬という項目は、上の8種類の一覧にはありません。

【令和8年度の例】申請から助成金支給までの流れ

令和8年度の流れは、リーフレットと手引きで次のように示されています。年度によって日程は変わるため、あくまで一例です。

流れは、交付申請（実施計画の提出）、交付決定と助成対象期間内のサービス実施、支給申請（実施結果の報告）、助成金の支給の4つのステップに分かれます。ここでは、各ステップの提出書類や期限を、令和8年度の例として示します。令和8年度の受付はすでに終了しているため、次年度以降の日程は最新の募集要項で確認してください。

ステップ1：交付申請（実施計画の提出）

最初の手続は、「交付申請」です。どのようなサービスをいつ提供するかの事業実施計画などを、機構に提出します。令和8年度の締切は令和8年11月30日（必着）でしたが、先着順で、予算の上限に達した時点で受付が終わります。

主な提出書類は、手引きで次のように示されています。

申請方法は、次の3通りです。

ステップ2：交付決定と、助成対象期間内のサービス実施

機構は交付申請を審査します。審査期間は原則1か月以内で、認められると交付決定通知書が届きます。

サービスを実施できるのは、交付決定日から令和9年1月22日までの助成対象期間です。交付決定の前に提供されたサービスは、助成の対象外です。

ステップ3：支給申請（実施結果の報告）

助成対象期間が終わったら、支給申請書と事業実施結果報告書を提出します。報告書には、提供したサービスの効果検証を書く必要があります。手引きは、サービスを提供した構成事業主にアンケートなどを実施しておくよう案内しています。

令和8年度の支給申請の期限は、助成対象期間の終了日の翌日から30日以内、または令和9年1月29日のいずれか早い日（必着）です。

ステップ4：助成金の支給

支給申請が審査され、支給が決まると、指定した口座に振り込まれます。令和8年度は、令和9年3月31日までの支給とされています。費用の支払いは原則として振込で、クレジットカードなどで支給申請日までに口座から引き落とされていない費用は対象外です。

【立場別】次に何を確認するか｜企業の担当者と団体の担当者

企業の担当者と団体の担当者では、確認することが違います。

企業の担当者は、1社単独では申請できないため、まず所属する団体に活用の予定を確認します。団体の担当者は、団体の要件や提供するサービス、日程などを申請前に確認しておきます。ここでは、それぞれの立場で確認したい点を整理します。

企業の担当者：まず所属団体に確認する

この助成金は企業が1社単独では申請できないため、最初に、所属している商工会議所・商工会・協同組合・業界団体などに問い合わせます。確認したい点は次のとおりです。

所属団体が活用しない場合でも、複数の事業主が協定書を結んで共同で行う「共同事業主」という形があります。ただし、構成事業主が10者以上で、要件も多いため、手引きの確認が必要です。

助成金の活用にかかわらず、労働者数50人未満の事業場は、地域産業保健センターで、面接指導の相談や健康相談などを原則として無料で利用できます（労働者健康安全機構「地域産業保健センター」）。

50人未満の会社がやるべきこととあわせて、以下の記事で説明しています。
>>産業医は50人未満でも必要？選任義務の有無と、会社がやるべきことを解説

団体の担当者：申請前に確認しておきたいこと

申請の準備は、次の順で進めると整理しやすくなります。

最新情報の確認方法と問い合わせ先

助成金の内容や日程は、年度ごとに変わる可能性があります。手引きにも、申請期間内に手引きの内容が変わる場合があると書かれています。

ここでは、令和9年度以降の内容を確認するための機構の公式ページと、公式の問い合わせ先を紹介します。あわせて、助成金とは別に、自社で産業医やストレスチェックの体制を整えたいときの考え方にも触れます。

令和9年度以降の内容は公式ページで確認する

令和9年度（2027年度）以降の募集要項や日程は、確認できた資料がありません。次の機構の公式ページで、最新の情報を確認してください。

公式の問い合わせ先

問い合わせ先は、機構の案内ページに次のとおり書かれています。

助成金とは別に、産業医・ストレスチェックの体制を整えたいとき

この助成金は、団体が申請し、傘下の企業が使う制度です。会社として産業医やストレスチェックの体制を整える場合は、助成金とは別に進め方を考えることになります。従業員50人以上の事業場には産業医の選任義務があります。詳しくは、以下の記事をご覧ください。
>>産業医の選任義務とは？50名以上の罰則・費用・探し方を解説
>>従業員50人以上の義務とは？産業医選任からストレスチェックまで解説

中小企業の産業医の選び方は中小企業の産業医選び方にまとめています。

Medpartnerは、産業保健と健康経営を軸とした法人向けサービスとして、産業医の紹介と月次の運用を行っています。ストレスチェックは、配布・オンライン回答・集計・高ストレス者の抽出・医師面接指導の手配まで一貫して対応しています。産業医の選任から月次の運用までを任せたい場合は、産業医の選任から運用までの委託をご覧ください。

まとめ

次の3つから始めてください。

制度の内容は年度によって変わる可能性があるため、申請の前には必ず最新の資料で確認してください。